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beta/or, se, p, zscore换算总结帖

对GWAS的summary文件进行整合时,经常需要在beta,or, se, p, zscore之间进行换算,故在此总结一下。希望对大家有帮助。

1. se 计算

1.1 有 beta、p ,计算se;

se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F))

1.2 有 or、p ,计算se;

se=abs(log(or)/qnorm(p/2))

2. zscore计算

2.1 有 beta、p ,计算zscore;

c=qnorm(1-p/2)

情况1:beta > 0,zscore = c
情况2:beta < 0,zscore = -c

2.2 有 or、p ,计算zscore;

c=qnorm(1-p/2)

情况1:or > 1,zscore = c
情况2:or < 1,zscore = -c

2.3 有 beta、se ,计算zscore;

zscore=beta/se

2.4 有 or、se ,计算zscore;

zscore=log(or)/se

注意:这里的se指的是log(or)的se,plink给出的se就是默认log(or)的se

以上所有的公式换算均在R环境下完成的。
此文感谢彭师姐和蔡大胖同学参与的讨论。

作者:橙子牛奶糖

原文链接:https://www.jianshu.com/p/bc7ea3d4a22f

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