beta/or, se, p, zscore换算总结帖
对GWAS的summary文件进行整合时，经常需要在beta，or, se, p, zscore之间进行换算，故在此总结一下。希望对大家有帮助。
1. se 计算
1.1 有 beta、p ，计算se；
se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F))
1.2 有 or、p ，计算se；
se=abs(log(or)/qnorm(p/2))
2. zscore计算
2.1 有 beta、p ，计算zscore；
c=qnorm(1-p/2)
情况1：beta > 0，zscore = c
情况2：beta < 0，zscore = -c
2.2 有 or、p ，计算zscore；
c=qnorm(1-p/2)
情况1：or > 1，zscore = c
情况2：or < 1，zscore = -c
2.3 有 beta、se ，计算zscore；
zscore=beta/se
2.4 有 or、se ，计算zscore；
zscore=log(or)/se
注意：这里的se指的是log(or)的se，plink给出的se就是默认log(or)的se
以上所有的公式换算均在R环境下完成的。
此文感谢彭师姐和蔡大胖同学参与的讨论。
作者:橙子牛奶糖
原文链接:https://www.jianshu.com/p/bc7ea3d4a22f