利用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白交互网络（PPI）
Summary
String数据库: https://www.string-db.org
是研究网络药理学中蛋白质相互作用的一个常用数据库，截止今天，已经更新到11.0版本。
整个网页界面清爽，简洁，很易上手。左侧导航栏为我们提供多种检索方式，可以按照单个蛋白名称，序列，也可以按照多个蛋白名称及序列。
接下来，我们通过示例去体验下String数据库检索蛋白交互关系操作流程。这里，我们将使用“Multiple proteins”，对多个蛋白进行检索其交互关系。首先在右侧“List of Names”中将多个名称输入，这里如果数目太多，我们可以通过文件格式上传，“Organism”输入你所检索对应的物种，这里我们选择人“Homo”,点击“SEARCH”。跳出来的页面有对检索的蛋白逐条描述，点击“Continue”,则会跳出PPI网络。
点击“Analysis”,我们可以看到该PPI信息，包括多少节点，多少边，以及对应的GO和KEGG。
我们可以通过“Exports”将我们的结果导出，可以导出图片以及表格等格式。这里我们点击第一个或第二个，导出图片格式，同时我们点击第四条，导出TSV文件，接下来我们用该表格文件，导入Cytoscape软件中进行分析，预测高关联的目标分子。
点击“File”，“Import”，导入我们通过String数据库构建的PPI.TSV。跳出如下界面，包含node1 和node 2，点击“OK”。
利用插件，如“cytoHubba”计算得分，如根据“MCC”得分排列，选前几个关联度高的节点作为你的目标分子。
点击“submit”后，右侧则显示按照你的要求重新形成的PPI网络，点击“EXPORT”图标，则可以保存该图片。
好了，今天的介绍就到此了，总体String数据库简洁明了，很容易上手。
作者：翾格格
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