阅读 19

利用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白交互网络(PPI)

Summary

String数据库: https://www.string-db.org

是研究网络药理学中蛋白质相互作用的一个常用数据库,截止今天,已经更新到11.0版本。

整个网页界面清爽,简洁,很易上手。左侧导航栏为我们提供多种检索方式,可以按照单个蛋白名称,序列,也可以按照多个蛋白名称及序列。


接下来,我们通过示例去体验下String数据库检索蛋白交互关系操作流程。这里,我们将使用“Multiple proteins”,对多个蛋白进行检索其交互关系。首先在右侧“List of Names”中将多个名称输入,这里如果数目太多,我们可以通过文件格式上传,“Organism”输入你所检索对应的物种,这里我们选择人“Homo”,点击“SEARCH”。跳出来的页面有对检索的蛋白逐条描述,点击“Continue”,则会跳出PPI网络。



点击“Analysis”,我们可以看到该PPI信息,包括多少节点,多少边,以及对应的GO和KEGG。


我们可以通过“Exports”将我们的结果导出,可以导出图片以及表格等格式。这里我们点击第一个或第二个,导出图片格式,同时我们点击第四条,导出TSV文件,接下来我们用该表格文件,导入Cytoscape软件中进行分析,预测高关联的目标分子。


点击“File”,“Import”,导入我们通过String数据库构建的PPI.TSV。跳出如下界面,包含node1 和node 2,点击“OK”。



利用插件,如“cytoHubba”计算得分,如根据“MCC”得分排列,选前几个关联度高的节点作为你的目标分子。



点击“submit”后,右侧则显示按照你的要求重新形成的PPI网络,点击“EXPORT”图标,则可以保存该图片。


好了,今天的介绍就到此了,总体String数据库简洁明了,很容易上手。



作者:翾格格
链接:https://www.jianshu.com/p/d8a5c7c1f109


文章分类
后端
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 gxwowoo@163.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。
相关推荐